Dostawa produktów innowacyjnych tworzących Genomiczną Mapę Polski

Dostawa produktów innowacyjnych tworzących Genomiczną Mapę Polski

Przedmiotem zamówienia jest dostawa produktów innowacyjnych tworzących Genomiczną Mapę Polski, zgodnie z wymaganiami Zamawiającego określonymi w Specyfikacji Technicznej Przedmiotu Zamówienia zawartej w części IV SIWZ.

Genomiczna Mapa Polski (zwanej dalej "GMP”) ma stanowić zestaw narzędzi do wielkoskalowej analizy genomów, oparty o zbiory danych możliwie precyzyjnie opisujące zmienność genetyczną populacji ludzkiej mieszkającej na terenie Polski. Ze względu na wielkość populacji Polski GMP musi zostać stworzona na podstawie 5 000 całogenomowych sekwencji DNA (+/- 50 sekwencji). W przyszłości GMP ma służyć jako standard wykorzystywany w badaniach genomicznych lub genetycznych prowadzonych na populacji polskiej oraz zawierać opis genomicznych zasobów tej populacji, możliwy do wykorzystania w badaniach ogólnoeuropejskich oraz ogólnoświatowych.

Przedmiotem zamówienia jest dostawa następujących produktów innowacyjnych:

Produkt 1. "Genom referencyjny” (zwany dalej "GR”) – zestaw prototypów narzędzi bioinformatycznych służących do wytworzenia i analizy sekwencji genomowego DNA osób zamieszkujących dany region. Genom referencyjny charakterystyczny dla populacji polskiej (GR-GMP) powinien zostać stworzony na podstawie dogłębnej analizy genomów co najmniej 10 osób i ich rodziców (w sumie 30 osób) wybranych przez Zamawiającego jako reprezentatywnych przedstawicieli populacji polskiej. Analiza genomów musi zostać przeprowadzona z zastosowaniem różnych technologii obejmujących wysokoprzepustowe sekwencjonowanie genomowego DNA za pomocą krótkich odczytów sparowanych (paired-end), krótkich odczytów typu mate-pair, długich odczytów łączonych (ang. linked-reads), naturalnie długich odczytów analizowanych w czasie rzeczywistym oraz sporządzenie mapy optycznej genomu. Produktem końcowym ma być sekwencja konsensusowa genomu, złożona w oparciu o dane wygenerowane dla wszystkich badanych osób przy wykorzystaniu wszystkich zastosowanych technologii. Jakość tej sekwencji musi być nie gorsza niż jakość genomów referencyjnych stworzonych w ostatnich 3 latach dla analogicznych populacji, szczegółowo opisana w IV części SIWZ.

Produkt 2. "Baza danych” – prototyp architektury bazy danych umożliwiającej przechowywanie danych heterogenicznych o różnym stopniu przetworzenia, powiązanej z informacjami pochodzącymi z 5000 genomów (+/- 50 genomów). W bazie muszą się znaleźć także zabezpieczone i wyposażone w unikalne identyfikatory dane osobowe oraz informacje na temat cech fenotypowych i stanu zdrowia 1000 osób (+/- 10 osób), od których próbki DNA zostaną pozyskane przez Wykonawcę do analiz genomicznych w ramach Produktu 4. Dane te muszą być powiązane z danymi uzyskanymi z sekwencjonowania genomów.

Produkt 3. "Mapa zmienności genetycznej” – zestaw prototypów narzędzi bioinformatycznych służących badaniu zmienności genetycznej populacji. Mapa zmienności genetycznej Polaków ma zostać wykonana na podstawie sekwencjonowania i analizy wyników sekwencjonowania 3000 genomów (+/- 30 genomów) wybranych mieszkańców Polski, z obszaru całego kraju. Próbki DNA do analizy dostarczy Zamawiający.

Produkt 4. "Fen-Gen” – prototyp narzędzia bioinformatycznego do analizy powiązań pomiędzy fenotypem a genotypem. Produkt ma umożliwić określenie relacji pomiędzy możliwie dużym zestawem cech fenotypowych badanej osoby a jej genomem. Powstanie on w oparciu o informacje na temat wyglądu i stanu zdrowia oraz powiązane z nimi dane z całogenomowych sekwencjonowań 1000 osób (+/- 10 osób). Zebranie próbek, przeprowadzenie ankiet, wykonanie badań medycznych i sekwencjonowanie genomów należy do Wykonawcy, zgodnie z wymaganiami Zamawiającego określonymi w Specyfikacji Technicznej Przedmiotu Zamówienia zawartej w części IV SIWZ. Produkt 5. "Et-Gen” - prototyp narzędzia bioinformatycznego do analizy zmienności genetycznej mniejszości etnicznych. Zmienność genetyczna musi zostać przeanalizowana na podstawie 1000 sekwencji (+/- 10 sekwencji) pełnych genomów pochodzących od przedstawicieli wybranych wybranych przez Zamawiającego mniejszości etnicznych zamieszkujących Polskę. Próbki DNA do analizy dostarczy Zamawiający.

Wykonawca nie ma prawa wykorzystywać Przedmiotu zamówienia w całości ani w żadnej części zarówno w trakcie wykonywania Przedmiotu zamówienia jak i po jego dostarczeniu, pod rygorem zastosowania kar umownych przewidzianych w umowie.

Szczegółowe zasady ochrony danych osobowych, w tym danych zaliczanych do szczególnych kategorii danych osobowych, dotyczących Przedmiotu zamówienia opisane zostały w części V SIWZ.

Produkty 3, 4 i 5 będą udostępniane Zamawiającemu on-line, z uwzględnieniem zasad opisanych w Szczegółowych zasadach ochrony danych osobowych, w tym danych zaliczanych do szczególnych kategorii danych osobowych, dotyczących Przedmiotu zamówienia opisanych w części V SIWZ.

Pełny opis zamówienia znajduje się w SIWZ.

POIR.04.02.00‐30‐A004/16

Dodatkowe kody CPV: 48461000, 48610000, 48732000

W celu potwierdzenia braku podstaw do wykluczenia z postępowania, Wykonawca będzie obowiązany przedstawić Zamawiającemu następujące oświadczenia i dokumenty (w terminach wskazanych w SIWZ):

a) oświadczenie Wykonawcy stanowiące wstępne potwierdzenie spełnienia warunków udziału w postępowaniu określonych w niniejszej SIWZ i braku podstaw do wykluczenia, złożone na formularzu Jednolitego Europejskiego Dokumentu Zamówienia (dalej: "JEDZ”). JEDZ należy złożyć wraz z ofertą. JEDZ Wykonawca sporządza pod rygorem nieważności w formie elektronicznej (w postaci elektronicznej opatrzonej kwalifikowanym podpisem elektronicznym), zgodnie z zasadami opisanymi w SIWZ.

b) odpis z właściwego rejestru lub z Centralnej ewidencji i informacji o Działalności Gospodarczej, jeżeli odrębne przepisy wymagają wpisu do rejestru lub ewidencji, w celu potwierdzenia braku podstaw wykluczenia na podst. art. 24 ust. 5 pkt 1 Pzp;

c) zaświadczenie właściwego naczelnika urzędu skarbowego potwierdzające, że Wykonawca nie zalega z opłacaniem podatków, wystawione nie wcześniej niż 3 m-ce przed upływem terminu składania ofert lub inny dokument potwierdzający, że Wykonawca zawarł porozumienie z właściwym organem podatkowym w sprawie spłat tych należności wraz z ewentualnymi odsetkami lub grzywnami, w szczególności uzyskał przewidziane prawem zwolnienie, odroczenie lub rozłożenie na raty zaległych płatności lub wstrzymanie w całości wykonania decyzji właściwego organu;

d) zaświadczenie właściwej terenowej jednostki organizacyjnej Zakładu Ubezpieczeń Społecznych lub Kasy Rolniczego Ubezpieczenia Społecznego albo inny dokument potwierdzający, że Wykonawca nie zalega z opłacaniem składek na ubezpieczenia społeczne lub zdrowotne, wystawione nie wcześniej niż 3 m-ce przed upływem terminu składania ofert lub inny dokument potwierdzający, że Wykonawca zawarł porozumienie z właściwym organem w sprawie spłat tych należności wraz z ewentualnymi odsetkami lub grzywnami, w szczególności uzyskał przewidziane prawem zwolnienie, odroczenie lub rozłożenie na raty zaległych płatności lub wstrzymanie w całości wykonania decyzji właściwego organu;

e) informację z Krajowego Rejestru Karnego w zakresie okr. w art. 24 ust. 1 pkt 13, 14 i 21 Pzp oraz, odnośnie skazania za wykroczenie na karę aresztu, w zakresie określonym przez Zamawiającego na podst. art. 24 ust. 5 pkt 5 i 6 Pzp, wystawioną nie wcześniej niż 6 m-cy przed upływem terminu składania ofert;

f) oświadczenie Wykonawcy o braku wydania wobec niego prawomocnego wyroku sądu lub ostatecznej decyzji administracyjnej o zaleganiu z uiszczaniem podatków, opłat lub składek na ubezpieczenia społeczne lub zdrowotne albo – w przypadku wydania takiego wyroku lub decyzji –dokumenty potwierdzające dokonanie płatności tych należności wraz z ewentualnymi odsetkami lub grzywnami lub zawarcie wiążącego porozumienia w sprawie spłat tych należności (w odniesieniu do przesłanki wykluczenia opis. w art. 24 ust. 1 pkt 15 Pzp);

g) oświad. Wykonawcy o braku orzeczenia wobec niego tytułem środka zapobiegawczego zakazu ubiegania się o zamówienia publiczne (w odniesieniu do przesłanki wykluczenia opis. w art. 24 ust. 1 pkt 22 Pzp);

h) oświad. Wykonawcy o braku wydania prawomocnego wyroku sądu skazującego za wykroczenie na karę ograniczenia wolności lub grzywny w zakresie określonym przez Zamawiającego na podst. art. 24 ust. 5 pkt 5 i 6 Pzp;

i) oświadczenie Wykonawcy o braku wydania wobec niego ostatecznej decyzji administracyjnej o naruszeniu obowiązków wynikających z przepisów prawa pracy, prawa ochrony środowiska lub przepisów o zabezpieczeniu społecznym w zakresie określonym przez Zamawiającego na podstawie art.24 ust.5 pkt.7 Pzp;

j) oświadczenie Wykonawcy o niezaleganiu z opłacaniem podatków i opłat lokalnych o których mowa w ustawie z dnia 12.1.1991 r. o podatkach i opłatach lokalnych (Dz.U.2018.1445 z późn.zm);

k) oświadczenie Wykonawcy o przynależności lub braku przynależności do tej samej grupy kapitałowej. Pełen opis znajduje się w SIWZ.

Na potwierdzenie spełnienia warunku udziału w postępowaniu dotyczącego sytuacji ekonomicznej lub finansowej, Zamawiający żąda od Wykonawcy dokumentów potwierdzających, że Wykonawca jest ubezpieczony w zakresie prowadzonej działalności związanej z przedmiotem zamówienia na sumę gwarancyjną określoną przez Zamawiającego w pkt 6.2 ppkt 2) SIWZ. Jeżeli z uzasadnionej przyczyny Wykonawca nie może złożyć dokumentów dotyczących sytuacji finansowej lub ekonomicznej wymaganych przez Zamawiającego, może złożyć inny dokument, który w wystarczający sposób potwierdza spełnianie opisanego przez Zamawiającego warunku udziału w postępowaniu.

Warunek dotyczący sytuacji ekonomicznej lub finansowej zostanie spełniony, jeśli Wykonawca wykaże, że jest ubezpieczony od odpowiedzialności cywilnej w zakresie prowadzonej działalności związanej z przedmiotem zamówienia na sumę gwarancyjną nie mniejszą niż 1 000 000,00 PLN na jeden i wszystkie przypadki.

W przypadku, gdy dokument potwierdzający, że Wykonawca jest ubezpieczony od odpowiedzialności cywilnej w zakresie prowadzonej działalności związanej z przedmiotem zamówienia nie zawiera w swej treści potwierdzenia opłacenia składki, Wykonawca zobowiązany jest do załączenia dokumentu potwierdzającego opłacenie składki.

Na potwierdzenie spełnienia warunku udziału w postępowaniu dot. zdolności technicznej lub zawodowej Zamawiający żąda:

— wykazu dostaw/usług wykonanych lub wykonywanych (przy czym w tym przypadku będzie liczona wartość zrealizowanej części przedmiotu umowy) w okresie ostatnich 3 lat przed upływem terminu składania ofert (a jeżeli okres prowadzenia działalności jest krótszy – w tym okresie) wraz z podaniem ich wartości, przedmiotu, dat wykonania i podmiotów, na rzecz których dostawy zostały wykonane, oraz załączeniem dowodów określających czy te dostawy/usługi zostały wykonane lub są wykonywane należycie, przy czym dowodami, o których mowa, są referencje bądź inne dokumenty wystawione przez podmiot, na rzecz którego dostawy były wykonywane, a w przypadku świadczeń okresowych lub ciągłych są wykonywane, a jeżeli z uzasadnionej przyczyny o obiektywnym charakterze Wykonawca nie jest w stanie uzyskać tych dokumentów – oświadczenie Wykonawcy; w przypadku świadczeń okresowych lub ciągłych nadal wykonywanych referencje bądź inne dokumenty potwierdzające ich należyte wykonywanie powinny być wydane nie wcześniej niż 3 miesiące przed upływem terminu składania ofert. Wzór wykazu stanowi załącznik w SIWZ.

Przez zamówienie wykonane należy rozumieć:

a) zamówienia rozpoczęte i zakończone w okresie ostatnich 3 lat przed upływem terminu składania ofert (a jeżeli okres prowadzenia działalności jest krótszy – w tym okresie);

b) zamówienia zakończone w ww. okresie, których rozpoczęcie mogło nastąpić wcześniej niż w ww. okresie.

— wykazu urządzeń/narzędzi o parametrach wskazanych w pkt. I.6.2 lit. c), wraz z podaniem ilości sprzętu, rodzaju, modelu, nazwy systemu informatycznego wraz z informacją o podstawie do dysponowania tymi urządzeniami/systemem. Wzór wykazu stanowi załącznik w SIWZ,

— wykazu osób, kierowanych przez Wykonawcę do realizacji przedmiotu zamówienia, wraz z informacjami na temat ich kwalifikacji zawodowych niezbędnych do wykonania przedmiotu zamówienia, a także informacji na temat publikacji naukowych oraz informację o podstawie do dysponowania tymi osobami. Wzór wykazu stanowi załącznik w SIWZ.

Ze względu na to, że Zamawiający oczekuje dostawy Produktów innowacyjnych wymagających od Wykonawcy doświadczenia w zakresie sekwencjonowania nowej generacji oraz wykonywania badań i analiz całogenomowych, a także posiadania technicznych możliwości przetwarzania dużych, zmiennych i różnorodnych zbiorów danych, warunek dotyczący zdolności technicznej lub zawodowej zostanie spełniony, jeżeli:

a) Wykonawca wykaże, że w okresie ostatnich trzech lat przed upływem terminu składania ofert, a jeżeli okres prowadzenia działalności jest krótszy – w tym okresie, wykonał co najmniej:

2 umowy o zbliżonym charakterze do przedmiotu zamówienia tj. sekwencjonowanie WGS (sekwencjonowanie całogenomowe, ang. whole genome sequencing) oraz analizy bioinformatyczne danych WGS o wartości nie mniejszej niż 5 000 000,00 PLN brutto każda.

oraz

b) Wykonawca wykaże, że dysponuje osobami skierowanymi przez Wykonawcę do realizacji przedmiotu zamówienia posiadającymi doświadczenie, wykształcenie i kwalifikacje zawodowe odpowiednie do zadań, jakie zostaną im powierzone, z których co najmniej jedna będzie posiadała minimum 10 publikacji naukowych dotyczących tematyki badań całogenomowych, każda o IF > 5 (pięcioletni IF Web of Science)

oraz

c) Wykonawca wykaże, że dysponuje następującymi urządzeniami technicznymi/infrastrukturą techniczną niezbędną do wykonania i dostarczenia opisanych w zamówieniu produktów innowacyjnych wraz z informacją o podstawie do dysponowania tymi zasobami:

— co najmniej jednym sekwenatorem wysokoprzepustowym do analizy całych genomów w trybie krótkich odczytów sparowanych 2 x 150 pz, pozwalającym na odczytywanie nie mniej niż 5 000 genomów ludzkich z pokryciem 30x rocznie,

— co najmniej jednym sekwenatorem do całogenomowych głębokich sekwencjonowań trzeciej generacji, z zastosowaniem technologii długich odczytów (średnio nie mniej niż 10 kpz) analizowanych w czasie rzeczywistym,

— co najmniej jednym aparatem do przygotowania próbek DNA genomowego do analizy w trybie długich odczytów łączonych (ang. linked-reads, nie mniej niż 50 kpz), umożliwiającej rozdział diploidalnego genomu na haplotypy (ang. phasing),

— co najmniej jednym aparatem do tworzenia map optycznych genomu przy wykorzystaniu technologii mapowania nowej generacji,

— infrastrukturą informatyczną umożliwiającą przeprowadzenie analiz zmienności genetycznej o wydajności co najmniej 5 000 genomów ludzkich rocznie oraz przechowywanie danych uzyskanych w ramach realizacji zamówienia dla 5 000 genomów

oraz

— systemem informatycznym wraz z licencją, przeznaczonym do zabezpieczenia danych genetycznych

Uwaga: W przypadku posługiwania się przez Wykonawcę doświadczeniem realizowanym w ramach konsorcjum (podmiotów ubiegających się wspólnie o zamówienie) doświadczenie konsorcjanta to wyłącznie zakres faktycznie zrealizowanych przez niego prac. Jeżeli pojedynczy członek konsorcjum chciałby powołać się na doświadczenie całego konsorcjum to powinien skorzystać ze wsparcia pozostałych jego członków w trybie art. 22a ustawy Pzp.

Ze względu na wartość zamówienia Zamawiający zawrze umowę z wybranym Wykonawcą niezwłocznie po zakończeniu obligatoryjnej kontroli uprzedniej Prezesa Urzędu Zamówień Publicznych (art. 169-171a ustawy Pzp), której podlega niniejsze zamówienie.

Otwarcie ofert nastąpi w Instytucie Chemii Bioorganicznej Polskiej Akademii Nauk, przy ul. Noskowskiego 12/14 w Poznaniu, w pokoju 105 w bud. B o godz. 12:00 (wejście od ul. Wieniawskiego 17/19).

Otwarcie ofert następuje poprzez użycie aplikacji do szyfrowania ofert dostępnej na miniPortalu i dokonywane jest poprzez odszyfrowanie i otwarcie ofert za pomocą klucza prywatnego. Otwarcie ofert jest jawne. Wykonawcy mogą uczestniczyć w otwarciu ofert. Bezpośrednio przed otwarciem ofert Zamawiający podaje kwotę, jaką zamierza przeznaczyć na sfinansowanie zamówienia.Pełny opis znajduje się w SIWZ.

1. W sekcji III.1) niniejszego ogłoszenia - Warunki udziału w pkt III.1.1) wymagania dotyczące Wykonawców zagranicznych zostały opisane w SIWZ.

2. Szczegóły dotyczące możliwości zmian umowy znajdują się w pkt 17 SIWZ.

3. Zamawiający wymaga wniesienie wadium. Szczegóły w pkt I.9 SIWZ.

4. Sposób porozumiewania się z Zamawiającym przy użyciu środków komunikacji elektronicznej z wykorzystaniem miniPortalu oraz przy użyciu poczty elektronicznej znajduje się w pkt I.10 SIWZ.

5. Sposób przygotowania oferty znajduje się w pkt I.11 SIWZ.

1. Wykonawcy, a także innemu podmiotowi, jeżeli ma lub miał interes w uzyskaniu zamówienia oraz poniósł lub może ponieść szkodę w wyniku naruszenia przez Zamawiającego przepisów Ustawy, przysługuje odwołanie wyłącznie od niezgodnej z przepisami Ustawy czynności Zamawiającego podjętej w postępowaniu o udzielenie zamówienia lub zaniechaniu czynności, do której Zamawiający jest zobowiązany na podstawie Ustawy.

2. Odwołanie wnosi się w terminie 10 dni od dnia przesłania informacji o czynności Zamawiającego stanowiącej podstawę jego wniesienia, jeżeli zostały przesłane w sposób określony w art. 180 ust. 5 zdanie drugie albo w terminie 15 dni - jeżeli zostały przesłane w inny sposób.

3. Odwołanie wobec treści ogłoszenia o zamówieniu oraz wobec postanowień Specyfikacji Istotnych Warunków Zamówienia, wnosi się w terminie 10 dni od dnia publikacji ogłoszenia w Dzienniku Urzędowym Unii Europejskiej lub zamieszczenia Specyfikacji Istotnych Warunków Zamówienia na stronie internetowej.

4. Odwołanie wobec czynności innych niż określone w pkt 18.2 i 18.3 wnosi się w terminie 10 dni od dnia w którym powzięto lub przy zachowaniu należytej staranności można było powziąć wiadomość o okolicznościach stanowiących podstawę jego wniesienia.

5. Odwołanie powinno wskazywać czynność lub zaniechanie czynności zamawiającego, której zarzuca się niezgodność z przepisami ustawy, zawierać zwięzłe przedstawienie zarzutów, określać żądanie oraz wskazywać okoliczności faktyczne i prawne uzasadniające wniesienie odwołania.

6. Odwołanie wnosi się do Prezesa Izby w formie pisemnej w postaci papierowej albo w postaci elektronicznej, opatrzone odpowiednio własnoręcznym podpisem albo kwalifikowanym podpisem elektronicznym.

7. Odwołujący przesyła kopię odwołania zamawiającemu przed upływem terminu do wniesienia odwołania w taki sposób, aby mógł on zapoznać się z jego treścią przed upływem tego terminu. Domniemywa się, iż zamawiający mógł zapoznać się z treścią odwołania przed upływem terminu do jego wniesienia, jeżeli przesłanie jego kopii nastąpiło przed upływem terminu do jego wniesienia przy użyciu środków komunikacji elektronicznej.